С 20 марта 2025 года аэропорт Магадан и морской порт Магадан прекратили работу как отдельные таможенные посты. Вместо них создан единый Магаданский таможенный пост, который перешел под управление Сахалинской таможни. В зону ответственности нового подразделения вошли морской и воздушный пункты пропуска, ранее закрепленные за упраздненными постами.
Ключевая задача Магаданского поста — контроль за перемещением товаров через границу Особой экономической зоны (ОЭЗ) Магаданской области. Эта территория привлекает бизнес упрощенными правилами ввоза промышленных и химических товаров из-за рубежа. Только в 2024 году через ОЭЗ провезли свыше 517 тыс. тонн грузов, а также зафиксировали 51 нарушение таможенных правил.